Evul Mediu se bucură de o reprezentare fundamentală pe diverse colecţii: numismatică, bresle, podoabe, arme şi accesorii militare, diplome nobiliare şi de privilegii, sigilii, carte veche, ceramică, etc. Dintr-un total de aproximativ 40,000 de piese aflate în patrimoniul muzeului, colecţia epocii medievale cuprinde un număr de 6650 de obiecte.

Predominantă este colecţia de numismatică ce totalizează aproximativ 5000 de monede. Majoritatea (3127 denari şi groşi din argint) fac parte din cele 12 tezaure monetare descoperite întâmplător în Turda şi împrejurimi. Monedele se încadrează cronologic între secolele al XI-lea şi al XVIII-lea, fiind emise în Ungaria (denari), Polonia (groşi) Imperiul Habsburgic (creiţari, groşi), Prusia (guldeni, mărci, taleri) şi Austro-Ungaria (fileri, coroane, forinţi, helleri).

Breslele meșteșugărești sunt şi ele prezente în expoziţia permanentă a muzeului turdean. Ele au avut un rol important în dezvoltarea economică a orașului, primele date despre existenţa acestora fiind din a doua jumătate a secolului al XIV-lea. În fondul documentar al muzeului se păstrează acte şi diplome ce atestă activitatea următoarelor bresle: blănarilor, pantofarilor, măcelarilor, croitorilor, cizmarilor, cojocarilor, tăbăcarilor, tâmplarilor, strungarilor, pieptănarilor, între anii 1640 - 1833.

Alături de aceste acte sunt prezente şi diplomele nobiliare. Dreptul de a emite diplome nobiliare îi revenea exclusiv regelui şi cancelariei regale. Începând cu secolul al XVI-lea, după destrămarea Regatului Ungariei şi principii Transilvaniei încep să emită diplome celor care le aduceau servicii deosebite şi se distingeau în luptele armate purtate de către aceştia. Din multitudinea de diplome emise de regalitate se disting mai multe tipuri: de înnobilare, de privilegii şi de donaţie.

În patrimoniul muzeului municipal din Turda sunt păstrate 11 diplome (cinci de înnobilare şi şase de privilegii), emise între anii 1610 – 1839 de către principii Transilvaniei (Gabriel Bethlen, Gheorghe Rákóczi I, Gheorghe Rákóczi II şi Mihail Apafi) şi de Cancelaria Imperială de la Viena.

Colecţia de arme şi echipament militar a Muzeului de Istorie Turda numără în jur de 100 de obiecte şi este prezentată în contextul evoluţiei istorice a oraşului. Colecţia ce a luat fiinţă la începutul secolului al XX-lea cuprindea iniţial un număr mai mare de piese decât deţinem noi astăzi. Cauza risipirii acesteia au fost cele două conflagraţii mondiale, ultima afectând serios colecţia muzeală. Creeate pentru vânătoare, luptă sau paradă, armele, prin modul în care au fost realizate, dar şi prin aspectul lor plăcut estetic, atrag atenţia asupra lor. Unele dintre ele prezintă un decor realizat prin incizare cu motive geometrice şi florale, iar altele sunt sidefate şi placate cu foiţă din aur. O parte dintre exponate au fost realizate în ateliere specializate din Transilvania, iar altele au fost produse în Imperiul Habsburgic sau Imperiul Otoman. Exponatele se încadrează cronologic între secolele al XIV-lea şi al XIX-lea. Colecţia de arme cuprinde: săbii, florete, iatagane, halebarde, vârfuri de suliţă, vârfuri de lance, vârfuri de săgeată, pistoale cu cremene, flinte şi ghiulele de mortier.

Artefactele expuse reflectă din punct de vedere istoric, arheologic, artistic, arhitectural, ştiinţific, cultural şi religios evoluţia comunităţilor ce au habitat în această zonă a Transilvaniei. Majoritatea, reconstituie imaginea dinamică socială a perioadei respective, piesele încadrându-se cronologic între secolele al XI-lea şi al – XIX-lea.